Em áreas novas, a amostragem deve ser realizada nas camadas de 0 a 20 cm e, 20 a 40 cm e, às vezes, também na camada de 40 a 60 cm. 

Nas áreas já estabelecidas, a profundidade de coleta vai depender do sistema de manejo de solo utilizado (preparo convencional ou semeadura direta). Quando se desejar avaliar a disponibilidade de enxofre, deve-se coletar amostras à profundidades maiores que 20 cm, principalmente em argissolos. 

Para saber mais:

Amostragem de Solos: A base para aplicação de corretivos e fertilizantes 

http://sistemasdeproducao.cnptia.embrapa.br/FontesHTML/Milho/CultivodoMilho_2ed/feramostra.htm